Входными воротами инфекции является респираторный тракт, где вирус гриппа размножается в эпителиальных клетках слизистой оболочки. Патологический процесс при гриппе развивается быстро, вслед за фазой размножения вируса в клетках дыхательных путей развивается фаза вирусемии с характерными токсическими и токсико-аллергическими реакциями со стороны внутренних органов, прежде всего сосудистой и нервной систем. Вирусемия - проникновение возбудителя во внутренние органы. Вирус распространяется по всему организму - крови, селезенке, лимфатических узлы, миндалины, ткани головного мозга. В последние годы получены данные о способности вируса гриппа инфицировать белые клетки крови человека - лимфоциты и лейкоциты.

Главным звеном в патогенезе гриппа является поражение сосудистой системы вследствие интоксикации и проявляется повышением проницаемости сосудов, ломкостью их стенок, нарушением микроциркуляции. Эти изменения и являются причиной носовых кровотечений, геморрагической сыпи на коже и слизистых, кровоизлияний во внутренние органы. Резкое падение тонуса сосудов приводит к возникновению венозной гиперемии кожи и слизистых, застойному полнокровию внутренних органов, нарушению микроциркуляции и диапедезным кровоизлияниям, а в более поздние сроки - тромбозу вен, капилляров и крупных сосудов. Падение тонуса мелких сосудов и повышение их проницаемости приводит к развитию ранних изменений в легких: отеку легочной ткани и множественным кровоизлияниям в альвеолы и интерстиций легкого. Сосудистые изменения играют ведущую роль и в развитии неврологических синдромов. Так, нарушение проницаемости сосудов и токсическое влияние вируса на рецепторы сосудистого сплетения мозга вызывают гиперсекрецию спинномозговой жидкости с развитием циркуляторных расстройств, приводят к внутричерепной гипертензии и отеку мозга. В основе сложного комплекса функциональных расстройств нервной системы лежит также поражение вегетативной нервной системы и зоны межуточного мозга (гипоталамус, гипофиз), как области наиболее высокой васкуляризации, обеспечивающей нейровегетативную, нейроэндокринную и нейрогуморальную регуляцию. Морфологические изменения в клетках головного мозга свидетельствуют об их токсико-аллергическом характере.

Важная роль в патогенезе гриппозной инфекции принадлежит иммунным механизмам, особенно Т-лимфоцитам и их субпопуляциям, естественным киллерам (ЕК). Подавление вирусом функциональной активности Т-системы иммунитета характеризует тяжелые формы с более длительной персистенцией вируса и развитием вторичных бактериальных осложнений.